本发明公开一种燃料电池系统及其再利用寿命评估方法，其方法包括：将燃料电池系统内的热管理装置、空气供给装置、氢气供给装置和排气装置中的所有组成部件进行分类，得到非电控件集合和电控件集合；获取每一个非电控件的理论剩余寿命并将其中的理论剩余寿命最小值作为第一剩余寿命；获取每一个电控件的实际剩余寿命和理论剩余寿命，并将其中的实际剩余寿命最小值作为第二剩余寿命以及将其中的理论剩余寿命最小值作为第三剩余寿命；获取燃料电池的实际剩余寿命并定义为第四剩余寿命，以及其理论剩余寿命并定义为第五剩余寿命；将上述五个剩余寿命中的最小值作为燃料电池系统的再利用寿命。本发明可实现对燃料电池系统的再利用寿命进行有效评估。