本发明公开了一种基于MATLAB的永磁同步电机谐波电流分析系统，所述系统包括参数设置模块、仿真控制模块、结果统计模块和搭建有永磁同步电机仿真模型的Simulink仿真模块；参数设置模块用于输入常规仿真参数和电机运行控制参数，再根据电机运行控制参数生成多工况控制参数；仿真控制模块用于根据用户需求控制Simulink仿真模块响应常规仿真参数和多工况控制参数进行仿真处理；Simulink仿真模块用于执行永磁同步电机仿真模型在多工况下的定子电流仿真分析，将生成的多工况定子电流数据或者多工况定子电流谐波分析结果导入至结果统计模块。本发明可实现永磁同步电机谐波电流分析系统的多工况仿真分析，提高仿真效率。